厦门企业电子版权认证的办理流程指引包括选择认证机构、准备作品资料等。具体如下：

选择认证机构：企业应选择一家具有资质和信誉的著作权登记机构或第三方服务机构进行电子版权认证。

准备作品资料：企业需要准备需要认证的作品，包括软件、文本、图片、音频、视频等作品的原始文件或描述信息。

提交申请：企业填写电子版权认证申请表格，提交需要认证的作品和必要的身份证明等资料给认证机构。

支付费用：根据认证机构的规定，企业支付相应的认证费用。

审查与认证：认证机构会对提交的作品进行审查，并根据标准进行认证。

颁发认证证书：审查通过后，认证机构会颁发电子版权认证证书，用于证明作品的著作权。

监督管理：企业应妥善保管电子版权认证证书，并在必要时出示以证明其著作权。

后续服务：如需变更、续期或其他相关服务，企业应及时与认证机构联系并按照指导操作。