上海增值电信业务经营许可证的申请流程包括在线提交材料、审查受理等。具体如下：

在线提交材料：申请者需在工业和信息化部电信业务市场综合管理信息系统中填写相关表单并上传所需材料，如企业法人营业执照副本、公司章程、法定代表人签署的申请书等。

审查受理：上海市通信管理局在收到申请材料后，将进行初步审查。如果材料齐全且符合法定形式，将出具受理申请通知书；否则，会告知申请人需要补正的全部材料内容。

审核决定：管理局自受理之日起60日内完成审查工作，作出批准或不予批准的决定。批准的情况下，将颁发《增值电信业务经营许可证》；不予批准的，书面通知申请人并说明理由。

领取许可证：申请人在获得批准后，需携带相关书面材料到指定地点领取许可证。这包括营业执照副本原件、法定代表人签字的相关文件、领取人的身份证明等。

续期变更：对于需要续期或变更许可证信息的申请者，应在许可证有效期届满前90日或及时提交变更申请材料，按照相同流程完成续期或变更手续。

此外，申请者在准备和提交申请材料时，应确保所有信息的真实性和完整性，避免因虚假信息或证明材料而影响审批结果。同时，密切关注相关政策变动，以便及时调整申请策略。在整个申请过程中，保持与上海市通信管理局的良好沟通至关重要，以确保流程的顺利进行。

通过上述步骤，企业可以有效地完成在上海的增值电信业务经营许可证申请流程，从而合法地开展相关电信业务。