南京企业在办理互联网药品信息服务许可证时，需要准备一系列的材料，并满足特定的条件。

所需材料包括：

营业执照：有效的企业法人营业执照副本复印件。

域名证书：网站域名注册证书的扫描件。

服务器租赁合同：服务器的租赁合同。

网站展示：网站需建成药品展览类的网站。

身份证明：法人和股东的身份证扫描件。

专业人员：三名专业人员的证明（两名医学专业毕业，一名计算机专业毕业）。

审批条件涉及：

信誉要求：申请人应具备良好的信誉和声誉。

技术措施：互联网药品交易服务平台应具备安全可靠的技术措施，确保药品信息的真实性和有效性。

质量管理：互联网药品交易服务平台应具备完善的质量管理体系。

总的来说，在申请过程中，企业应当仔细核对所需材料清单，确保所有文件齐全且符合要求。同时，了解并遵循相关的法律法规，按照规定流程进行申请，以确保顺利取得互联网药品信息服务许可证，合法开展相关业务活动。